顯微鏡下真菌和細(xì)菌的形態(tài)差別還是很明顯的，細(xì)菌一般都要經(jīng)過染色之后才能觀察。而真菌個(gè)體要大些，產(chǎn)孢結(jié)構(gòu)明顯，孢子鏈形態(tài)多樣，有串生、簇生、帚狀枝等等，所以一般都能夠直接觀察。
因?yàn)閷?shí)驗(yàn)室一般常用普通的
光學(xué)顯微鏡。但是由于細(xì)菌體積小且透明，活體細(xì)胞內(nèi)含有大量水分，因此，對(duì)光線的反射與吸收差別不大。當(dāng)把細(xì)菌懸浮在水滴內(nèi)，放在顯微鏡下觀察時(shí)，由于與周圍背景沒有顯著的明暗差，難以看清他們的形狀，更談不上其細(xì)微結(jié)構(gòu)。經(jīng)過染色，就可借助顏色的反襯作用比較清楚地觀察微生物的形狀和結(jié)構(gòu)，亦即菌體表面及內(nèi)部結(jié)構(gòu)著色與背景成鮮明對(duì)比，這樣便可在普通光學(xué)顯微鏡觀察形態(tài)和結(jié)構(gòu)，而且還可以通過不同染色反應(yīng)來區(qū)別微生物類型以及死.活細(xì)菌。
因此，必須用染色的方法來區(qū)別。
